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Diagramme de Bland-Altman : étude de la concordance entre 2 mesures Table des matières Dans le secteur de la santé, la problématique de l’évaluation de l’accord entre deux méthodes de mesure est relativement fréquente. Exprimée autrement, il s’agit d’évaluer si deux méthodes de mesures, ou deux dispositifs médicaux différent(e)s fournissent des résultats similaires lorsqu’ils mesurent […]

Tutoriel : Dessinez vos cartes avec ggplot2 et positionner facilement des lieux

Tutoriel : Dessinez vos premières cartes avec ggplot2 Table des matières Introduction Lorsqu’on analyse des données, il est courant de devoir positionner sur une carte géographique des emplacements tels que des points de prélèvement, des parcelles agricoles ou des sites de production, par exemple. Utiliser R pour réaliser des cartes et positionner des emplacements présente plusieurs […]

Transiter de R markdown vers Quarto

Transiter de Rmarkdown vers quarto Introduction Si vous utilisez Rmarkdown pour générer vos rapports d’analyse, vos notices techniques ou encore vos TPs, vous avez sans doute entendu parler de Quarto. Quarto, c’est la nouvelle génération de R markdown. Elle est présentée comme avancée et enrichie. Quarto existe depuis l’été 2021, mais son début ont plutôt […]

Tutoriel : comment faire des boxplots appariés (paired boxplot

Tutoriel : comment faire des boxplots appariés (paired boxplot) Dans de nombreuses études, il est courant de procéder à des mesures répétitives d’une variables, sur les mêmes individus, à différents moments. La visualisation de telles données nécessite de réaliser des graphiques permettant de mettre en évidence les changements individuels au fil du temps (autrement dit […]

Glossaire des termes statistiques

Glossaire des termes statistiques Dans cet article, je vous propose une traduction du glossaire des termes statistiques publiés ici https://hbiostat.org/glossary/ par Frank Harrel , un statisticien de renom et professeur à l’Université Vanderbilt. Il est particulièrement reconnu pour ses travaux en statistiques biomédicales et son ouvrage “Regression Modeling Strategies”. Vous pourrez retrouver son blog ici https://www.fharrell.com/ Face à la […]

Créer des graphiques chronologiques ou timeline avec R : techniques et astuces

Créer des graphiques chronologiques ou timelines avec R : techniques et astuces Table des matières Quel package pour réaliser des timeline ? Une solution simple et efficace pour réaliser des timelines avec R consiste à employer le package vistime, et sa fonctiongg_vistime(). Cette fonction s’applique sur un data frame qui doit comporter au minimum 3 variables […]

Quantifier la différence entre deux groupes avec l’estimateur de Hodges-Lehmann

Quantifier la différence entre deux groupes avec l’estimateur de Hodges-Lehmann Lorsqu’on réalise des analyses statistiques, et que l’on cherche à comparer deux groupes, on commence généralement par évaluer la significativité de la différence. Puis dans un second temps, on se dit que ça serait bien aussi de quantifier cette différence ! Or en pratique cela […]

Les scripts RMarkdown paramétrés : Interface et automatisation

Les scripts RMarkdown paramétrés : Interface et automatisation Réaliser des analyses de données reproductibles et flexibles est devenu incontournable. Dans cette démarche,  RMarkdown est un outil indispensable pour documenter, présenter et partager nos analyses réalisées avec R. Mais parfois ce que l’on souhaite, c’est rendre un rapport RMarkdown adaptable à différentes situations, afin répéter la […]

Comprendre les degrés de liberté en statistiques

Comprendre les degrés de liberté en statistiques Crédits photos : “Jean Le Rohellec – www.phototropic.fr”  Lorsqu’on réalise des analyses statistiques, il y a un terme qui revient régulièrement, et qui est plutôt énigmatique : les “degrés de liberté” ! Sous ce jargon, se cache une notion assez importante en statistiques, mais qui est difficile à […]

Formats variés de Dates : corrigez les en un clin d’oeil avec datefixR

Formats variés de Dates : corrigez les en un clin d’oeil avec datefixR Introduction Analyser des données qui contiennent des dates est toujours un peu compliqué, parce qu’il existe de nombreux formats différents pour écrire des dates : l’ordre du jour, du mois ou de l’année peut varier, différents séparateurs (“-”, “/”, ou un espace) peuvent […]