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Un éditeur visuel pour R markdown

 

Cette année, on dirait bien que le père Noël est passé en avance ! Et dans sa hotte, il y a une version test R Studio (la 1.4.869), avec une amélioration de dingue pour R markdown : un éditeur visuel (si si!)

Si vous n’êtes toujours pas passé à R markdown pour intégrer votre travail d’analyse dans un flux reproductible, et automatiser vos rapports d’analyses, malgré tous les articles que j’ai publié :

Là… je crois que vous ne trouverez définitivement plus d’excuses (n’est-ce pas Emmanuel ?).

C’est simple, avec la nouvelle version de RStudio, R markdown est devenu un jeu d’enfants !

Je vous montre, dans la suite de cet article, les principales fonctionnalités.

Télécharger cette version test

C’est là que ça se passe : https://rstudio.com/products/rstudio/download/preview

Ensuite, il faut bien évidemment l’installer, puis ouvrir RStudio.

Vous pouvez alors vérifier que c’est bien cette version test qui est utilisée, en allant dans le menu Help –> About RStudio

Ouvrir un nouveau fichier R markdown

Pour cela : File –> New File –> R markdown

Donnez lui un titre et sauvez le dans votre projet R (bien évidemment).

Si besoin, vous trouverez des informations sur la création d’un projet R dans dans l’article 7 étapes pour organiser son travail sous R

 

Sous cette version test de RStudio, vous allez accéder à un nouveau bouton qui a pour logo un compas, il s’agit du bouton de l’éditeur de R markdown.

bouton de l'éditeur rcmarkdown  

Et quand vous cliquez dessus, l’éditeur visuel de R markdown devient accessible :

éditeur visuel de R markdown   Vous pouvez voir aussi que le visuel du document a changé.

Gestion des éléments de texte

C’est tout simple, ça fonctionne comme un traitement de texte :  vous sélectionnez la partie de votre texte et vous cliquez sur les boutons correspondant pour le mettre en gras, italique etc.

Avec la même simplicité, vous pouvez créer des listes à puces ou numérotées : il suffit de cliquer sur le bouton correspondant et de compléter les champs. Idem pour insérer un bloc de citation.

De façon similaire, vous pouvez aussi changer le niveau de vos titres :

Changer le niveau des titres   Et si vous voulez formater un mot sous une apparence de code, par exemple, lorsque vous citez un package ou une fonction, vous pouvez employer le bouton code </>.

Les images

Là aussi, l’amélioration est très chouette ! Lorsque vous cliquez sur le bouton image, une fenêtre s’ouvre pour vous permettre d’aller chercher l’image que vous souhaitez insérer.

Insérer une image   Celle-ci apparaît alors dans votre document R markdown. Et en cliquant sur l’image, vous pourrez alors facilement modifier ces dimensions :

modifier les dimensions d'une image

Les tables

Si il y a bien quelque chose qui était pénible c’était de créer une table en R markdown. Hé ben c’est fini ! Y’a plus qu’à cliquer sur le bouton Table –> Insert Table –> indiquer le nombre de lignes et de colonnes, et à remplir :

  Insérer une table   remplir une table  

La bibliographie

Alors là, je suis carrément tombée de ma chaise… Vous cliquez sur le bouton @, et vous pouvez directement aller chercher vos références bibliographiques dans PubMed : références bibliographiques depuis pubmed   La référence est alors directement ajoutée dans le document R markdown : citation automatique   Elle est également ajoutée dans le document rendu : références bibliographiques dans le document rendu   Remarque : le titre “Références bibliographiques” doit être ajouté à la fin du document.   Et en plus, vous avez un fichier “references.bib” qui est automatiquement créé, et qui contient toutes les références que vous avez employées !   Vous pouvez également utiliser des références qui sont déjà dans un fichier.bib. Pour cela, il est nécessaire de le spécifier dans l’en tête, comme ceci, avec mon fichier “mes_refs_biblio.bib”. ajout d'un fichier bib dans l'en-tête   L’outil fonctionne aussi, de façon automatique et directe avec Zotero ! Vous trouverez plus d’informations sur toutes ces possibilités ici : https://rstudio.github.io/visual-markdown-editing/#/citations?id=bibliographies

Conclusion

Je suis complètement bluffée par cet éditeur visuel de R markdown, intégré à cette version test de R Studio ! Je pense qu’il n’y a pas à hésiter une seule seconde : filez la télécharger, l’installer et surtout l’utiliser ! Et si vous voulez en apprendre davantage sur les possibilités de cet éditeur, je vous recommande cet post de JJ.Allaire. Si cet article vous a plu ou vous a été utile, n’oubliez pas de le partager ! Vous pouvez également soutenir le blog par un don libre sur la page Tipee. soutenez le blog  

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