3 fonctions à connaître à propos des packages R
Un court article pour vous parler de trois fonctions très utiles concernant les packages, mais souvent méconnues des débutants. Ces trois fonctions vous permettent d’accéder à 3 types d’informations différentes :
- la fonction sessionInfo() pour connaître la version de R, et la version des packages que vous êtes en train d’utiliser,
- la fonction citation(), pour savoir comment citer un package pour une publication,
- la fonction ls(“package: “) pour obtenir dans la console, la liste de toutes les fonctions d’un package.
La fonction sessionInfo()
library(tidyverse)
library(car)
library(funModeling)
library(drc)
sessionInfo()
## R version 3.5.0 (2018-04-23)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 17134)
##
## Matrix products: default
##
## locale:
## [1] LC_COLLATE=French_France.1252 LC_CTYPE=French_France.1252
## [3] LC_MONETARY=French_France.1252 LC_NUMERIC=C
## [5] LC_TIME=French_France.1252
##
## attached base packages:
## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
##
## other attached packages:
## [1] drc_3.0-1 MASS_7.3-49 funModeling_1.6.8
## [4] Hmisc_4.1-1 Formula_1.2-3 survival_2.41-3
## [7] lattice_0.20-35 car_3.0-0 carData_3.0-1
## [10] forcats_0.3.0 stringr_1.3.1 dplyr_0.7.5
## [13] purrr_0.2.5 readr_1.1.1 tidyr_0.8.1
## [16] tibble_1.4.2 ggplot2_3.0.0.9000 tidyverse_1.2.1
##
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] nlme_3.1-137 bitops_1.0-6 lubridate_1.7.4
## [4] RColorBrewer_1.1-2 httr_1.3.1 rprojroot_1.3-2
## [7] tools_3.5.0 backports_1.1.2 R6_2.2.2
## [10] rpart_4.1-13 KernSmooth_2.23-15 lazyeval_0.2.1
## [13] colorspace_1.3-2 nnet_7.3-12 withr_2.1.2
## [16] tidyselect_0.2.4 gridExtra_2.3 moments_0.14
## [19] curl_3.2 compiler_3.5.0 cli_1.0.0
## [22] rvest_0.3.2 htmlTable_1.12 xml2_1.2.0
## [25] sandwich_2.4-0 entropy_1.2.1 caTools_1.17.1
## [28] scales_0.5.0 checkmate_1.8.5 mvtnorm_1.0-8
## [31] digest_0.6.15 foreign_0.8-70 rmarkdown_1.10
## [34] rio_0.5.10 base64enc_0.1-3 pkgconfig_2.0.1
## [37] htmltools_0.3.6 plotrix_3.7-2 htmlwidgets_1.2
## [40] rlang_0.2.1 readxl_1.1.0 rstudioapi_0.7
## [43] bindr_0.1.1 zoo_1.8-2 jsonlite_1.5
## [46] gtools_3.5.0 acepack_1.4.1 zip_1.0.0
## [49] magrittr_1.5 Matrix_1.2-14 Rcpp_0.12.17
## [52] munsell_0.5.0 abind_1.4-5 stringi_1.1.7
## [55] multcomp_1.4-8 yaml_2.1.19 gplots_3.0.1
## [58] plyr_1.8.4 grid_3.5.0 gdata_2.18.0
## [61] crayon_1.3.4 haven_1.1.1 splines_3.5.0
## [64] pander_0.6.2 hms_0.4.2 knitr_1.20
## [67] pillar_1.2.3 codetools_0.2-15 reshape2_1.4.3
## [70] glue_1.3.0 evaluate_0.10.1 latticeExtra_0.6-28
## [73] data.table_1.11.4 modelr_0.1.2 cellranger_1.1.0
## [76] gtable_0.2.0 assertthat_0.2.0 openxlsx_4.1.0
## [79] broom_0.5.0 bindrcpp_0.2.2 cluster_2.0.7-1
## [82] TH.data_1.0-8 ROCR_1.0-7 Vous obtenez des informations sur la version de R, la version de votre plateforme (ici windows), les options locales utilisées, puis la liste des packages de bases avec leur version, la liste des packages attachés, et la liste des packages utilisés par les packages attachés.
Je vous recommande d’utiliser cette fonction dans vos scripts R markdown, en dessous du chunk de chargement des packages. Comme ça, cette info figurera dans le rapport dynamique créé, et cette information sera sauvegardée.
C’est très utile, lorsque vous rédigez un projet d’article et que vous devez indiquer la version de R et des packages que vous avez employés.C’est aussi très utile lorsque le code que vous avez créé des mois (voir des années) ne fonctionne plus. Cela peut, par exemple, être dû à la modification du nom d’une fonction.
Remarque : pour plus d’infos sur les script en Rmarkdown, vous pouvez consulter mes articles “Guide de démarrage en R markdown“, et ” 10 astuces pour améliorer vos documents en R markdown“.
La fonction citation()
Cette fonction est très utile, car elle vous fournit la référence bibliographique de n’importe quel package. Par exemple, imaginons que vous êtes en train de rédiger un rapport, un projet d’article ou un manuscrit de thèse, et que vous voulez inclure la référence de R et celle du package “car”. Voici comment obtenir ces informations :
citation() # vide pour obtenir les refs de R
##
## To cite R in publications use:
##
## R Core Team (2018). R: A language and environment for
## statistical computing. R Foundation for Statistical Computing,
## Vienna, Austria. URL https://www.R-project.org/.
##
## A BibTeX entry for LaTeX users is
##
## @Manual{,
## title = {R: A Language and Environment for Statistical Computing},
## author = {{R Core Team}},
## organization = {R Foundation for Statistical Computing},
## address = {Vienna, Austria},
## year = {2018},
## url = {https://www.R-project.org/},
## }
##
## We have invested a lot of time and effort in creating R, please
## cite it when using it for data analysis. See also
## 'citation("pkgname")' for citing R packages.
citation("car")
##
## To cite the car package in publications use:
##
## John Fox and Sanford Weisberg (2011). An {R} Companion to
## Applied Regression, Second Edition. Thousand Oaks CA: Sage. URL:
## http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion
##
## A BibTeX entry for LaTeX users is
##
## @Book{,
## title = {An {R} Companion to Applied Regression},
## edition = {Second},
## author = {John Fox and Sanford Weisberg},
## year = {2011},
## publisher = {Sage},
## address = {Thousand Oaks {CA}},
## url = {http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion},
## } Les références sont fournies sous deux formats : texte et BibText. Le format BibText peut être utilisé pour générer une bibliographie. Pour plus de détails, consultez l’article Comment insérer des références bibliographiques dans un document Rmarkdown ?
La fonction ls("package:")
Cette fonction vous renvoie la liste de toutes les fonctions d’un package donné (le nom est fourni en argument). Elle est très utile lorsque, par exemple, vous avez besoin d’utiliser une des fonctions dont vous savez qu’elle est contenue dans un certain package, mais que son nom exact vous échappe. Ou encore lorsque vous souhaitez connaître l’ensemble des fonctions contenues dans un certain package. Voici un exemple avec le package “funModeling”:
ls("package:funModeling")
[1] "auto_grouping"
[2] "categ_analysis"
[3] "compare_df"
[4] "concatenate_n_vars"
[5] "convert_df_to_categoric"
[6] "coord_plot"
[7] "correlation_table"
[8] "cross_plot"
[9] "data_country"
[10] "data_golf"
[11] "data_integrity"
[12] "data_integrity_model"
[13] "desc_groups"
[14] "desc_groups_rank"
[15] "df_status"
[16] "discretize_df"
[17] "discretize_get_bins"
[18] "discretize_rgr"
[19] "entropy_2"
[20] "equal_freq"
[21] "export_plot"
[22] "fibonacci"
[23] "freq"
[24] "gain_lift"
[25] "gain_ratio"
[26] "get_sample"
[27] "hampel_outlier"
[28] "heart_disease"
[29] "infor_magic"
[30] "information_gain"
[31] "metadata_models"
[32] "plot_num"
[33] "plotar"
[34] "prep_outliers"
[35] "profiling_num"
[36] "range01"
[37] "status"
[38] "tukey_outlier"
[39] "v_compare"
[40] "var_rank_info" Si vous ne connaissiez pas ces trois fonctions, j’espère qu’elles vous seront autant utiles qu’à moi qui les utilise très régulièrement.
Si cet article vous a plu, ou vous a été utile, et si vous le souhaitez, vous pouvez soutenir ce blog en faisant un don sur sa page Tipeee 
Crédits photos : PublicDomainPictures
Poursuivez votre lecture avec d'autres articles "astuce"
- 4 super fonctions pour la description de vos données
- Comparaison de moyennes : indiquez la significativité des différences sur le graph
- Comment retrouver sous R une couleur employée avec Excel ?
- Comment jouer à Mario, Pacman, Tetris et autres… avec R et R Studio ?
- Choisissez et modifiez très facilement les couleurs de vos graphs R avec Colour Picker
Très enrichissant. Merci.
Merci à vous Dany. Bonne continuation.
Merci beaucoup, c’était très utile, j’ai une petite question, et si on a utilisé une fonction sous R peut on connaitre le nom du package package?
Par exemple la fonction lm, est ce qu’on doit citer dans un article le package utilisé dans ce cas?
Merci d’avance pour votre réponse.
Bonjour Dounia,
si vous avez utilisé la fonction, il suffit d’aller dans l’aide de la fonction (avec la commande ?lm) puis de regarder en haut à gauche de la page d’aide, le nom du package.
Sinon vous pouvez utiliser google, avec le nom de la fonction, rechercher la doc de la fonction et regarder en haut à gauche.
Un tout grand merci Claire