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Comment dépasser les erreurs d'installation des packages ?

Réussir l'installation des packages

L’installation des packages vous pose parfois quelques soucis ?

Si oui, je vous propose, dans cet article, une méthode alternative à l’installation classique, qui pourrait bien résoudre vos problèmes.

Table des matières

Petits rappels

Les fonctions accessibles dans R sont regroupées dans un ensemble que l’on appelle “package”. Et les packages doivent être installés préalablement à l’utilisation des fonctions.

En général, un package regroupe des fonctions spécifiques à une thématique donnée. Par exemple le package drc (développé par mon collègue et ami danois Christian Ritz) est dédié à la modélisation des relations dose-réponse. Il contient des fonctions permettant d’ajuster des modèles dose-réponse, des fonctions permettant de calculer des paramètres (ED50 par exemple), et même des jeux de données !

Néanmoins, certaines fonctions comme mean(), par exemple, sont directement accessibles dans R. Vous n’avez pas besoin d’installer ou d’ouvrir un quelconque package pour les employer, parce que le package auquel elles appartiennent (le package base pour la fonction mean()), est nativement installé, et il est ensuite chargé à chaque ouverture de session.

Enfin, les packages sont généralement déposés sur CRAN  par les développeurs. Certains sont aussi déposés en parallèle sur un répertoire GitHub ou GitLab (vous pouvez consulter cet article pour voir un exemple d’installation de package à partir de GitHub : https://delladata.fr/table1/)

L’installation des packages se déroule en deux étapes :

  • Téléchargement du package depuis CRAN
  • Ouverture du package pour accéder aux fonctions

 

C’est un peu comme utiliser Netflix (ou une autre appli) sur votre tablette !

  • Vous allez sur l’app store ou google store et vous télécharger l’appli
  • Quand vous souhaitez regarder un film, vous ouvrez l’application

Installation des packages par la méthode classique

Téléchargement du package

Pour télécharger un package sous R Studio, il y a deux solutions : soit en employant l’outil d’installation des packages, soit en utilisant une ligne de commande.

Pour l’outil d’installation, il suffit d’aller dans la fenêtre en bas à droite, puis dans l’onglet Packages , et dans le sous onglet Install. Un fenêtre s’ouvre, et il vous suffit d’indiquer le nom du package.

Si vous êtes attentif à la fenêtre, vous pourrez voir que les packages sont importés depuis CRAN.

Outil d'installation de package de R Studio

Pour réaliser cette même étape, en ligne de commandes, il faut employer , la commande suivante :

install.packages("drc",dependencies = TRUE ) 

L’argument dependencies = TRUE sert à télécharger les packages nécessaires au package que vous êtes en train de télécharger. Pour drc, il s’agit des packages car, gtools, multcomp, plotrix et scales. Vous pouvez les voir sur la page du package sur CRAN (https://cran.r-project.org/) :

 CRAN –> Menu de gauche –> Package –> Table of available packages, sorted by name –> drc

Packages necessaires

Ouverture du package

Là encore,  l’ouverture du package est possible soit par l’intermédiaire de R Studio, soit par les lignes de commandes.

Avec R Studio, dans l’onglet Package, allez dans la fenêtre de recherche, tapez le nom du package, puis sélectionnez-le :

Sélection du package à ouvrir

Si vous regardez dans la console, vous verrez que lorsque vous avez sélectionné le package, R a écrit, pour vous, la ligne de commande correspondante :

ouverture d'un package par ligne de commande

Remarque : le texte en bleu sont des messages envoyés par R après l’exécution de la commande library(drc), qu’il a écrit lui-même.

 

Vérification de la réussite de l'installation des packages

Et pour savoir si l’installation des packages a bien fonctionné, vous pouvez, par exemple, lancer la commande (“package:nom_de_mon_package”). Elle vous permettra d’obtenir la liste des fonctions disponibles dans le package, comme ceci avec drc :

ls("package:drc") 
liste des fonctions

J’en entends déjà certaines et certains,  dire :

C’est bien beau, mais des fois, ça marche pas !”

Alors qu’est ce qu’on fait ?

On reste calme, stoïque et tout et tout, et on essaye la méthode alternative !

Installation d’un package par la méthode alternative

Cette méthode consiste à :

  1. Se rendre sur la page du package souhaité, sur CRAN, pour accéder à une version zippée du package et le télécharger sur son PC
  2. Installer cette version zippée grâce à l’outil d’installation de R Studio
  3. Ouvrir classiquement le package

Télécharger une version zippée du package

 CRAN –> Menu de gauche –> Package –> Table of available packages, sorted by name –> drc

Vous pouvez choisir soit le package source, soit Windows binaries (sûrement pareil avec Mac), en version r-release.

Télécharger une version zippée des packages

Ensuite, il suffit d’ouvrir l’outil d’installation et de changer l’option du menu Install from, et choisir Package Archive File, puis d’aller chercher le fichier zippé que vous avez téléchargé (dans le dossier Download de votre PC par exemple), avec le bouton “Browse…”

installation d'un package à partir d'une version zippée

Ensuite, il vous reste à ouvrir le package avec la commande library(nom-du-package):

library(drc) 

Et si ça ne fonctionne toujours pas ?

Si vous avez un package super récalcitrant, vous pouvez essayer avec l’autre fichier zippé. Vous pouvez encore vérifier que vous n’avez pas une vieille version d’installée. Si c’est le cas, désinstallez la, en cliquant sur la croix à droite sur la ligne du package :

désinstallation d'un package

Ressayez ensuite l’installation.

Si cela ne fonctionne toujours pas (vous avez des messages d’erreur, et vous ne parvenez pas à accéder à la liste des fonctions, comme expliqué précédemment), vous pouvez essayer de supprimer le dossier du package dans votre dossier R (sur mon PC, il se trouve dans C:-library\4.0). Puis recommencer les tentatives d’installation.

Conclusion

J’espère que cette petite astuce vous évitera du stress, et de l’énervement et de la perte de temps ! Et pour être complètement efficace, je vous recommande de copier les lignes de commandes qui vous semblent indispensables dans la boite à outils.

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13 réponses

  1. Merci pour ce joli article.
    Je profite de cet articles sur l’importation de package pour parler du package easypackages (https://rdrr.io/cran/easypackages/), qui a l’avantage grâce à la fonction ‘packages()’ :
    – d’installer et de charger les libraires en 1 seule ligne de commande
    – de ne pas rechercher les packages déjà chargés lorsque on fait retourner le script.

    Pierre-Etienne

  2. Merci Claire pour cet article édifiant. Les problèmes d’installation de package est parfois un casse tête. Pour ma part, j’applique les deux méthodes et je m’en. Pour les utilisateurs Linux, il y a parfois des dépendances qu’il faut avant l’installation de certains package, donc il va falloir attention aussi.

  3. Bonjour Della,
    S’il te plait quelle est ma meilleure façon d’importer les données dans sans risque d’erreur?
    Merci d’avance

  4. Merci Claire pour cette méthodologie. Pour ma part, j’ai observé 2 cas de figures où un package ne s’installe pas. Je n’ai recours qu’exceptionnellement à l’utilisation d’une archive (.tar.gz ou .zip) parce que je préfère que le processus fonctionne le plus “naturellement” possible.
    a) le package est en cours d’utilisation, c’est à dire déjà chargé dans la console par une instruction library() (ou indirectement si c’est une dépendance d’un package chargé). Typiquement, l’installation plante à la fin en indiquant l’impossibilité d’écrire un fichier DLL (Windows).
    b) les dépendances ont mal été gérées à l’installation, et l’installation bloque sur une dépendance. On peut essayer de forcer la réinstallation du package souhaité, mais en général cela ne fonctionne pas.
    Dans ces 2 cas, il faut partir de zéro, c’est à dire d’une console R sans aucun package chargé (sauf ceux de base). Pour cela, je ferme toutes les instances de RStudio, puis je réouvre RStudio. Comme il se peut qu’il y ait des données enregistrées qui nécessitent des packages que RStudio s’empresse de charger automatiquement, cette console n’est donc pas vide/saine. Je crée alors un nouveau projet ce qui donne effectivemment une console minimaliste. Alternativement, j’ouvre une console R (RGui/Windows ou R/Linux). A partir de là, je résouds les problèmes.
    Pour a), je relance l’installation, et plus d’erreur d’écriture car le package n’est pas utilisé.
    Pour b), je retente une installation forcée, ce qui fonctionne rarement. J’identifie la dépendance qui bloque l’installation, et j’installe cette dépendance avant de réinstaller le package. Une dépendance est un package dont dépend le package que je souhaite installer initialement. Et souvent, cette dépendance ne s’est pas installée à cause d’une autre dépendance qui a bloqué. Je suis patient et je suis le fil au fur et à mesure…
    Patience et courage, le résultat en vaut la chandelle.

    1. Bonsoir Samuel,
      merci beaucoup pour votre commentaire détaillé, je suis sûre qu’il va aider de nombreuses lectrices et lecteurs du blog.

  5. Merci Claire pour ce beau article qui ma foi aiderait plus d’un. Pas à pas et grâce à tes articles, j’arrive à surmonter des difficultés.
    Merci.

  6. Merci beaucoup Claire. Nous apprenons beaucoup à travers vos articles sur le langage de manipulation de données R. Maintenant mon problème est différent et je cherche quelqu’un qui peut m’aider. En fait je cherche à convertir des données de format ncdf en format txt. Donc si vous pouvez faire un article sur la conversion des format de fichier en d’autres formats cela va nous aider beaucoup. Merci et Dieu vous rendre au centuple de vos bien fait.

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