Dans ce post, je vous présente le logiciel R et son environnement R studio, puis je vous explique comment ils fonctionnent, et comment on les installe pour pouvoir les utiliser ensemble.
Présentation du logiciel R et de son environnement R Studio
Le logiciel R
R est à la fois un logiciel (au départ de statistique, de data science aujourd’hui, c’est-à-dire couvrant beaucoup plus de domaines), et un langage de programmation orienté objet ( en gros ça veut dire que la programmation est simplifiée). Concrètement, pour utiliser R il faut donc lui fournir des instructions sous forme de lignes de commandes (à ce stade ça peut faire peur , mais ce n’est pas si compliqué que ça !). Ces lignes de commandes comportent des sortes de “mots clés” qui sont des fonctions implémentées (c’est à dire prêtes à être employées). Par exemple, la fonction mean permet de calculer une moyenne. On peut, bien sur, également coder ses propres fonctions.
Les fonctions implémentées sont regroupées dans des collections thématiques, appelé package. Par exemple, le package ‘drc‘ comporte de nombreuses fonctions permettant de modéliser des courbes dose réponse.
R est développé et maintenu par la R CoreTeam. C’est un logiciel gratuit, qui est disponible sous les plateformes windows, MacOS et Linux. Il est téléchargeable sur le site du CRAN (Compréhensive R Archive Network).
Les packages de fonctions, quant à eux, sont développés individuellement, par des spécialistes du domaine auquel ils s’intéressent. Ils sont mis à disposition de la communauté R, généralement sur le site de CRAN (dans l’onglet package du menu de gauche), mais parfois aussi sur le compte GitHub du développeur. Les packages contenant les fonctions de base sont téléchargés et installés automatiquement avec le logiciel R ( par exemple stats, graphics, grDevices, datasets, methods, base). Les autres package doivent être téléchargés et installés volontairement.
R Studio
R studio est l’environnement du logiciel R. On appelle cela une IDE pour Integrated Development Environment. Un environnement c’est un ensemble d’outils qui facilitent l’utilisation du logiciel ; par exemple l’écriture d’un code, son exécution, son débogage, ou encore la visualisation des résultats. Ces outils sont généralement manipulés depuis une interface graphique, c’est le cas pour Rstudio.
L’interface graphique de R studio est divisée en 4 zones :
- La zone A permet d’éditer du code R, c’est à dire d’ouvrir, de créer ou encore de modifier des scripts de commandes R.
- La Zone B est la console du logiciel R ; elle permet l’exécution de codes. Les lignes de commandes peuvent être directement entrées dans la console, ou bien transférées de la zone A à la zone B par un copier coller, ou par le raccourci Ctrl+Entrée après s’être positionné sur la ligne
- La Zone C permet d’avoir accès à plusieurs éléments :
- L’onglet “Environnement” permet d’afficher la liste des objets présents dans la mémoire de R, ainsi que les jeux de données importées ou créés. Il est également possible d’importer des données via le menu déroulant “Import Dataset“.
- L’onglet “History” permet d’afficher l’historique des commandes exécutées dans la console
- L’onglet “Git” permet de faire du versionnage. Cela nécessite d’installer Git bash (sous Windows)
- La Zone D permet également d’avoir accès à plusieurs éléments :
- L’onglet “file” permet de naviguer dans fichiers
- L’onglet “plot” donne accès à la fenêtre d’affichage et d’exportation des graphs
- L’onglet “Package” permet d’accéder à une fenêtre d’installation et de mise à jour des packages
- L’onglet “Help” permet d’accéder à l’aide en ligne de toutes les fonctions des packages chargés dans R
- la production automatique de rapports mêlant code, sorties, et commentaires
- le développement assisté de packages de fonctions
- le développement d’application web (via Shiny – cliquez ici pour visualiser des exemples)
- la création de présentations avec de diapositives, etc..
- dplyr (se prononce deep layer) pour manipuler les données
- ggplot2 pour faire des graphs
- lubridate pour gérer les temps
- stringR pour gérer les chaînes de caractères
- knitr pour générer des rapports dynamiques, etc…
Installation du logiciel R et de son environnement R Studio
L’installation de R et R studio se déroule en 5 étapes :- Téléchargement du logiciel R
- Installation du logiciel R
- Téléchargement de R studio
- Installation de R studio
- Ouverture de R studio
1) Téléchargement du logiciel R
R est accessible sur le site du CRAN : https://cran.r-project.org/Pour le télécharger il suffit de suivre la démarche présentée ici en pas à pas pour Windows. La procédure pour les autres plateformes est sensiblement identique.
2) Installation du logiciel R
3) Téléchargement de R Studio
R studio se télécharge à partir du site de R Studio : https://www.rstudio.com/.
Là encore, la démarche est présentée en pas à pas, pour Windows.
4) Installation de R Studio
A ce stade, il faut aller chercher, dans le dossier de Téléchargement, le fichier de R studio que l’on vient de télécharger, puis de double cliquer dessus pour commencer son installation.
5) Ouverture de R et R Studio
Pour utiliser R, à partir de R studio, il suffit à présent d’ouvrir R studio. Si l’installation s’est correctement déroulée, un icône de R studio est à présent visible dans le menu déroulant de Windows, ou bien dans la liste des applications installées. Ouvrez R Studio en cliquant dessus.
Vous devriez obtenir un écran similaire à celui-ci. Pas de panique si le fond de la zone de script (en haut à gauche) et de la console (en bas à gauche) sont blancs et que vous n’avez pas l’onglet git dans la zone C (en haut à gauche). Rassurez-vous, tout est prêt pour utiliser R et RStudio.
Bonjour
Tout d’abord merci pour l’aide que vous nous apporter ,
J’ai un probleme RStudio refuse de de démarrer sur mon pc win 8.
A chaque fois que je le lance le pilote de ma carte graphique se perd
et est récuperer quelques seconde aprés.
mais RStudio se bloque, pouvais vous m’aider .
merci.
Bonjour Daniel,
non malheureusement je n’ai pas de piste….essayer de poser la question sur un forum ou sur twitter.
Bonne continuation.
Bonjour et merci pour cette présentation.
Rstudio s’est installé lors du téléchargement en anglais.
Y a t il monte de modifier la langue sans tout desinstaller /réinstaller ?
Merci.
Bonjour,
je ne crois pas que cela soit possible autrement qu’en réinstallant R Studio, mais si vous trouvez, pourriez vous, s’il vous plait, décrire la démarche dans un autre commentaire ?
Merci d’avance.
Merci pour le tuto qui permet d’installer R sans galérer.
Juste une remarque pour les utilisateurs de Windows 32bit:
Les versions de Rstudio 1.2xxx ne fonctionnent pas avec windows 32bit. On obtient un message d’erreur au lancement.
Il faut installer des versions plus anciennes de Rstudio (version 1.1.463 actuellement) sur https://rstudio.com/products/rstudio/older-versions/
Bonjour, je n’arrive pas à l’installer même avec l’ancienne version. R me demande “Choose R installation” et quand je sélectionne “Use your machine’s default version of R (32-bits)” ou “Choose a specific version of R” il me dit qu’il n’y a pas d’installation R sur mon PC. Quelqu’un peut-il m’aider s’il-vous-plaît?
Merci
Thanks so much