Comment modifier le style bibliographique dans RMarkdown?

style bibliographique

La question de la modification du style bibliographique d’un document Rmarkdown revient très souvent dans les formations que j’anime.

En effet, une fois que j’ai montré que la gestion des références bibliographiques est très facile ( j’ai d’ailleurs écrit un article sur le sujet, si vous voulez en savoir plus :  “Comment insérer des références bibliographiques dans un document Rmarkdown ? ), on me demande souvent :

Comment faire pour modifier le style bibliographique employé par défaut pour obtenir le style bibliographique utilisé par mon institution, ou par la revue dans laquelle je souhaite soumettre mon projet d'article ?

Alors, pour répondre à cette question, je vous montre comment faire en pas à pas pour modifier le style bibliographique. Vous allez voir ce n’est pas très compliqué !

Prérequis

Pour tirer profit de cet article dédié à la modification du style bibliographique, je vous recommande de lire au préalable mon premier article : Comment insérer des références bibliographiques dans un document Rmarkdown ? 

Rappels de la démarche pour gérer les références bibliographiques

Le fichier bib

Comme expliqué dans l’article Comment insérer des références bibliographiques dans un document Rmarkdown ?  , j’ai créé un fichier avec une extension .bib qui contient 4 références bibliographiques (mais je vais en utiliser que 3!)

Je l’ai nommé “mes_ref_biblio” et je l’ai placé dans le même dossier que mon fichier Rmarkdown (en général soit à la racine du projet R, soit dans un dossier, nommé par exemple “script” et lui-même placé à la racine de mon projet R).

L'en-tête du fichier rmd

Dans l’en tête du document rmd j’ai ajouté bibliography: mes_ref_biblio.bib

En_tête du fichier rmd avec les information concernant la bibliographie

Citer les références

Dans mon document rmd, j’ai cité les 3 références. Puis j’ai créé, dans mon document R markdown, un dernier titre # Reférences bibliographiques , comme ceci :

Citation des références bibliographiques dans le document rmarkdown

Le rendu du style bibliographique par défaut

Le style bibliographique employé par défaut (par Pandoc) est le style Chicago. Voilà ce que ça donne dans le document rendu (ici en html):

Références bibliographiques avec le style Chicago par défaut

Modification du style bibliographique

Les étapes

Les styles bibliographiques sont définis dans un fichier avec une extension .csl.

Pour modifier le style bibliographique dans un document rendu, il faut :

  1. identifiez le style souhaité
  2. télécharger le fichier csl correspondant sur ce site : https://www.zotero.org/styles
  3. placer le fichier csl, au même endroit que le fichier .rmd (généralement à la racine du projet R, ou dans un dossier script (par exemple), placé à la racine du projet R)
  4. ajouter ce fichier dans l’en-tête yaml du fichier rmd

Exemple

Imaginons, que je souhaite employer le style bibliographique du “The New England Journal of Medicine :

  1. Je me rends sur le site https://www.zotero.org/styles, et je tape le nom du journal dans la fenêtre de recherche.
  2. Je télécharge le fichier the-new-england-journal-of-medicine.csl, et je le place au même endroit que mon doc .rmd dans lequel j’utilise les références bibliographiques.
  3. J’ajoute l’information dans l’en-tête .
  4. Je knit le document .rmd
  5. J’admire le résultat dans le document rendu !

Voici l’en-tête du fichier rmd avec le fichier the-new-england-journal-of-medicine.csl :

en-tête avec le fichier csl spécifié

Voici le résultat dans le document rendu : 

Références bibliographiques avec le style modifié

Vous remarquerez la modification de l’ordre des références, l’ajout d’un numéro,  et la simplification des noms des auteurs !

Pour aller plus loin

Si vous souhaitez apprendre à maîtriser rapidement Rmarkdown pour générer des documents automatisés et dynamiques comportant du code R, ou plus généralement apprendre à  optimiser vos processus de reporting avec Rmarkdown et Bookdown, j’animerai, en distanciel,  une formation professsionnelle sur ce thème, les 4 et 5 novembre prochain. Vous trouverez plus d’information sur cette formation (réalisée en partenariat avec l’organismes de formation Data Value) ci dessous (cliquez sur “Détail de la formation)

  • Objectifs
    • Apprendre à inscrire son travail d’analyse de données sous R, dans une démarche reproductible
    • Apprendre à réaliser des rapports d’analyse automatisés et dynamiques simples et complexes
    • Apprendre à créer des rapports d’analyses paramétrés
  • Public : Toute personne souhaitant utiliser le logiciel R pour la réalisation d’analyses statistiques et graphiques sur des données.
  • Prérequis : Le participant a des connaissances de base de l’outil informatique et du logiciel R : les types et structures de données, la création et la manipulation d’objets, l’importation, la description, et la visualisation de données.  Dans l’idéal, le participant a suivi la formation “R – Prise en main, analyses statistiques et graphiques ”.
  • Méthode : Pédagogie active mêlant exposés, exercices et applications pratiques dans le logiciel R.
  • Modalités : distanciel, et en partenariat avec l’organisme de formation Data Value

  • Coût : 1000 euros HT pour les 2 jours

    Cette formation  s’adresse principalement aux salariés d’entreprises, ou d’établissement français, car ceux-ci peuvent bénéficier d’une prise en charge partielle ou totale par leurs opérateurs de compétences (OPCO), dans le cadre de la formation continue.

Conclusion

J’espère que cet article vous permettra de mieux maîtriser les styles de votre bibliographie dans vos documents générés avec R markdown. N’hésitez pas à me dire ce que vous en pensez en commentaire.

Et si cet article vous a plu, ou vous a été utile, et si vous le souhaitez, vous pouvez soutenir ce blog en faisant un don sur sa page Tipeee. Si cet article vous a plu, ou vous a été utile, et si vous le souhaitez, vous pouvez soutenir ce blog en faisant un don sur sa page Tipeee  

 

 

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3 réponses

  1. Bonjour M.
    J’espère vous trouver en bonne santé.
    Je tiens à vous remercier pour votre esprit d’open source.
    Ça reste un précieux guide pour nous les jeunes programmeurs.

    Merci bonne inspiration.

  2. Merci beaucoup Madame Della,
    Grâce à vos articles, nous apprenons un petit peu plus chaque jour.
    Merci encore pour tout ce travail abattu.
    Vivement un prochain article.

    Bien des choses à vous

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