L’application shiny CoordFixR pour convertir et corriger les coordonnées géographiques en degrés décimaux

Test du package CoordFixR

Table des matières

Les différentes notations des coordonnées géographiques

Si vous vous intéressez un peu à la cartographie, vous savez sans doute que les coordonnées géographiques (latitude et longitude) d’un lieu, ou d’un objet, peuvent être exprimées avec différentes notations.

Il existe les notations :

  • DMS (degrés, minutes, secondes) ou sexadécimale. Dans ce cas, l’unité de base est le degré d’angle (0° à 360°), puis minute d’angle (1°=60’), et la seconde d’angle (1°=3600’’) avec indication Nord/Sud et Est/Ouest.
  • DMM (degrés, minutes décimales). Dans ce cas, l’unité de base est le degré d’angle (0° à 360°) puis la fraction décimale de minutes d’angle (1°=60 minutes), avec indication Nord/Sud et Est/Oust.
  • DD (degrés décimaux). Il s’agit de nombres décimaux positifs ou négatifs. Plus il y a de décimales, plus la localisation est précise : deux décimales pour une ville, six décimales pour une maison.

Voici par exemple les coordonnées de la ville de Paris selon les 3 notations :

Coordonnées géograpgiques de Paris

La notation décimale est largement reconnue et adoptée comme norme parce qu’elle est plus intuitive (plus facile à lire et à écrire),  parce qu’elle ne nécessite pas de conversion préalable pour réaliser des traitements mathématiques, et parce qu’elle est largement employée par les logiciels (dont R!)

Mais parfois, les coordonnées dont on dispose ne sont pas exprimées dans une notation décimale…., et nous devons donc faire cette conversion vers la notation en degrés décimaux nous-mêmes…Et là, c’est le drame !

Enfin, C’ETAIT le drame, parce que depuis peu, il existe une application Shiny ABSOLUMENT GÉNIALE qui permet de faire cette conversion automatiquement, et aussi  plein de corrections ! 

Cette application est contenue dans le package CoordFixR

L'application shiny CoordFixR

Principales fonctions

L’application shiny CoordFixR permet :

1. d’importer des données de coordonnées depuis un fichier Excel,
2. puis de les convertir en degrés décimaux, quel que soit la notation d’origine (et même si elle contient des erreurs de typographie)
3. de vérifier sur une carte les coordonnées converties/corrigées
4. et enfin d‘exporter la table modifiée, contenant deux nouvelles colonnes avec les coordonnées décimales sous forme de fichier Excel.

Les différents formats de coordonnées pris en charge par CoordFixR

CoordFixR prend en charge un large éventail de formats, notamment ceux avec :

  • des symboles pour les degrés, minutes et secondes (°, ’, ‘’),
  • des spécifications sous forme de mots tels que “degrés”, “minutes”, “secondes”,
  • ou leurs abréviations (“deg”, “min”, “sec”).

Même les fautes d’orthographe (par exemple “deegrees”) ou des variations légères (“degree” ou “Degrees” au lieu de “degrees”) sont prises en charge par l’application.

CoordFixR gère également les différents types de désignations d’hémisphère, telles que :

  • North or N,
  • South or S’
  •  East or E or, 
  • West or W’. 
  •  les simples signes négatifs (”-”) pour les hémisphères sud et ouest.

 

CoordFixR gère encore les différents séparateurs pouvant être employés, comme :

  • les espaces (par exemple, -9° 5’ 23.5’’),
  • les barres obliques (par exemple, -9°/5’/23.5’’),
  • les barres obliques inversées (par exemple, -9°\\5’\\23.5’’),
  • les underscores (par exemple, -9°\_5’\_23.5’’),
  • ou des combinaisons de ces séparateurs (par exemple, 9°\_5’\_23.5’’/S).

 

Les coordonnées contenant des zéros initiaux (par exemple, -009° 05’ 23’’) sont également prises en charges.

CoordFixR accepte encore les points (”.”) et les virgules (”,”) comme séparateurs décimaux (par exemple, “-9 deg 5 min 23.5 sec” ou “-9 deg 5 min 23,5 sec”).

Les nouveaux degrés décimaux utilisent un point décimal (par exemple, -9.089861).

Vous pouvez consulter les différents types de formats pris en charge dans le fichier Excel suivant, ci-dessous 👇

L'auteur de CoordFixR : Hendrik Pehlke

Hendrik Pehlke le développeur de l'application CoordFixR

L’application CoordFixR a été développée par Hendrik Pehlke, qui est géographe et spécialiste en sciences de l’environnement, avec de nombreuses années d’expérience dans l’application des SIG et de la programmation pour l’analyse des écosystèmes marins et la modélisation des habitats. Depuis 2013, Hendrik travaille en tant que Data Scientist à l’Alfred Wegener Institute (AWI) à Bremerhaven, en Allemagne. Son travail se concentre sur l’application des SIG et de la programmation, en particulier avec R et Python, pour analyser et résoudre des problématiques complexes de recherche environnementale. Ses études en géographie et sciences de l’environnement, axées sur les SIG et la programmation, constituent la base de son expertise en analyse spatiale et modélisation de données.

Ses domaines de spécialisation dont :

  • La Modélisation d’habitats : Hendrik se spécialise dans la modélisation des habitats, comme l’estimation de la distribution estivale des espèces de krill en Antarctique.
  • L’Écologie benthique : Il a étudié, entre autres, les réseaux trophiques des communautés benthiques en mer du Nord et analysé les structures des réseaux alimentaires de diverses communautés de sédiments meubles.
  • La Gestion et traitement des données : Il contribue au développement de bases de données, telles que CRITTERBASE, une archive scientifique orientée vers les données sur les organismes marins. Cette base collecte et fournit des informations sur la présence, l’abondance et la biomasse des espèces benthiques marines.

Tutoriel d'utilisation de l'application CoordFixR

Installation, chargement et lancement de l'application `CoordFixR

L’application s’installe depuis GitHub, et pour cela, vous devez d’abord installer le package devtools :

install.packages("devtools") # si le package 'devtools' n'est pas encore installé

# Installer la version de développement de CoordFixR depuis GitHub
devtools::install_github("HP-AWI/CoordFixR") 

Vous devez ensuite charger le package dans R avec la commande suivante :

library(CoordFixR)
 

Vous pouvez alors lancer l’application shiny, en emplyant la commande suivante :

CoordFixR::launch_app()
 

Fichiers de données exemple

Hendrik a gentiment mis à notre disposition  deux fichiers de données afin de tester l’application.

Vous pouvez les télécharger ci-dessous 

Chargement des données à convertir / corriger

Les données doivent :

  • être au format Excel (xls ou xlsx).
  • contenir une colonne pour les latitudes et une pour les longitudes, qu’il faut sélectionner dans les champs correspondants
Importer des données dans l'applicaton CoordFixR

Remarque : le nom des colonnes n’a pas d’importance tant que l’utilisateur sait quelle colonne contient les informations de longitude et quelle colonne contient les informations de latitude.

Réaliser la conversion / correction des coordonnées

Rien de plus simple : il suffit de cliquer sur le bouton « Calculate »

Visualiation des emplacements

Après conversion des coordonnées, il est possible de visualiser les coordonnées converties (points) sur une carte interactive leaflet afin de vérifier leur position.

Cela permet de détecter rapidement et de corriger les erreurs (par exemple, confusion entre X et Y ou informations d’hémisphère incorrectes ou manquantes).

Visualisation des coordonnées converties et corrigées

Sauvegarder les résultats

La table modifiée, contenant deux nouvelles colonnes avec les coordonnées décimales, peut être sauvegardée sous forme de fichier Excel dans le système de l’utilisateur, en cliquant sur le bouton « Download Excel File » :

Exporter les coordonnées corrigées et converties

Voici le fichier Excel obtenu :

Exemple de données corrigées et converties

Le mot de la fin

De mon point de vue, l’application Shiny CoordFixR est une véritable pépite pour toutes celles et ceux qui travaillent avec des coordonnées géographiques sous R.

Sa gestion d’un grand nombre de formats, couplée à la possibilité de visualiser les résultats et de les exporter, en font un outil incontournable pour simplifier notre travail cartographique.

Que vous soyez géographe, data analyst,  ou que vous ayez simplement besoin, de manière très ponctuelle, de manipuler et/ ou cartographier des lieux sous R, CoordFixR peut réellement vous faire gagner un temps précieux et vous éviter bien des énervements….

Et vous, qu’en pensez-vous ? 

S’il vous plait, 🙏 essayer l’appli et partagez votre ressenti en commentaire !

 

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