Tutoriel Quarto : Gestion des citations et références bibliographiques

Tutoriel Quarto : gérer les citations et la bibliographie

Dans ce tutoriel, je vais vous guider, pas à pas, pour insérer des citations et générer automatiquement une bibliographie dans un document Quarto. Ce processus est à la fois simple et très pratique. Une fois adopté, vous ne pourrez plus vous en passer

L’idée est d’utiliser l’éditeur visuel de Quarto (accessible via le bouton Visual en haut à gauche de la fenêtre). Cet éditeur offre la possibilité d’accéder à une interface graphique qui permet de rechercher des références bibliographiques, soit dans votre bibliothèque Zotero, si vous en avez une, soit dans des bases de données comme PubMed. Il vous suffira alors de sélectionner les références souhaitées pour les insérer directement dans votre texte. Et le meilleur dans tout ça : la bibliographie se génère automatiquement à la fin de votre document !

Ça semble merveilleux ? Eh bien, ça l’est vraiment ! Ça l’est réellement ! Et pour en tirer tous les avantages, je vous recommande d’utiliser Zotero, un logiciel gratuit de gestion bibliographique.

Zotero vous permet de collecter, organiser et citer facilement des références bibliographiques. Il peut être utilisé à la fois en local, via une application installée sur votre ordinateur (https://www.zotero.org/download/), et en ligne (https://www.zotero.org/).

La version en ligne synchronise vos données sur le cloud, vous offrant ainsi un accès à vos références depuis n’importe quel appareil, et la possibilité de les partager avec d’autres utilisateurs .

Table des matières

Étape 1 : Connecter RStudio à Zotero

Pour rechercher des références directement dans votre bibliothèque Zotero (si vous en avez une), il est nécessaire de l’associer à RStudio. Pour ce faire, rendez-vous dans File > Global Options > R Markdown > Citations.

Vous aurez alors le choix d’utiliser Zotero en local ou en ligne. Si vous optez pour la version locale, il se peut que vous deviez indiquer manuellement le chemin vers l’application, bien que cela se fasse généralement automatiquement.

Choisir de connecter RStudio avec Zotero en local

Personnellement, je choisis l’option web, car le mode local ne fonctionne pas toujours de manière fiable (sans que je sache vraiment pourquoi).

Choisir de coupler RStudio avec Zotero web

Pour utiliser Zotero en ligne (web), vous devrez fournir une clé API à RStudio. Voici comment l’obtenir :

  1. Rendez-vous sur l’application web de Zotero.

  2. Connectez-vous avec votre identifiant et mot de passe.

  3. Cliquez sur votre nom en haut à droite.

  4. Allez dans Settings > Security.

Allez dans les paramètres de Zotero pour obtenir une clé API

Dans l’onglet Security, éditez la clé liée à RStudio si elle existe déjà, ou créez-en une nouvelle si nécessaire.

Allez dans les paramètres de sécurité de Zotero pour obtenir une clé API

Enfin, copiez-la dans la fenêtre de RStudio :

Entrer la clé API de Zotero dans RStuido

Etape 2 : Passer en mode visuel et accéder à l’interface de gestion des citations et références bibliographiques

En haut à droite, cliquez sur le bouton Visual pour activer l’éditeur visuel de Quarto. Une fois en mode visuel, ouvrez le menu Insert, puis sélectionnez @ Citation.

Insertion de citation

Vous accéderez ainsi à l’interface dédiée à la gestion des citations et des références bibliographiques

Interface RStusio d'insertion des citations dans un document Quarto

En cliquant sur le bouton plus, vous ajoutez des citations qui seront ensuite insérées dans le texte (à l’endroit où vous aviez positionné le curseur avant de passer en mode Visual).

Étape 3 : Retourner en mode Source et compléter votre document

Dans votre document Quarto, en mode Source, la citation apparaîtra entre crochets, suivie d’un @, du nom de l’auteur et de l’année, comme ceci : [@gomes2022]

Vous pouvez ensuite ajouter du texte devant, comme dans l’exemple suivant :

Utilisation des citations dans Quarto

Voici ce que vous obtiendrez dan le document rendu :

Texte obtenu dans le document rendu, après l'insertion de la citation

Par défaut, la citation sera cliquable. Si vous préférez désactiver cette fonctionnalité, ajoutez la méta donnée link-citations: false dans l’entête YAML, sous le format de sortie souhaité, comme ceci :

Méta donnée à employer pour ne pas rendre la citation cliquable

Etape 4 : Rendez-vous à la fin du document et admirez la bibliographie générée automatiquement

Voici la fin du document rendu de mon exemple :

Bibliographie ajoutée automatiquement par Quarto.

Si vous souhaitez remplacer le titre “References” par “Références bibliographiques”, par exemple, il vous suffit d’ajouter un titre de niveau 1 (ou un autre niveau) à la fin du document. Si vous ne voulez pas que ce titre soit numéroté, ajoutez la balise {-} juste après, comme ceci :

Modifier le titre de la liste des références bibliographiques.

Voici le rendu : 

Rendu du document quarto lorsque le titre de la liste des références bibliographiques est moddfié.

Etape 5 : Comprendre les éléments ajoutés

Lorsque vous insérez une citation, RStudio effectue plusieurs actions.

Tout d’abord, il crée un fichier references.bib dans le dossier contenant votre script Quarto (.qmd), qui inclut les références des documents cités. Par exemple, si votre fichier Quarto est à la racine du projet, le fichier references.bib sera également créé à la racine. Si votre script se trouve dans un dossier “scripts”, alors le fichier references.bib sera ajouté dans ce même dossier.

Création automatique du fichier References.bib

Voici ce que ce fichier contient :

Contenu du fichier References.bib

Ensuite, RStudio spécifie ce fichier references.bibdans l’entête YAML du document Quarto, au niveau de la métadonnée bibliography :

Spécification automatique de la metadonnée bibliography

Remarque : Si vous déplacez le fichier references.bibdans un autre dossier, vous devrez spécifier son chemin d’accès dans l’en-tête YAML.

Par exemple, si vous créez un dossier “biblio” à la racine du projet et que vous y déplacez le fichier references.bib, vous devrez alors indiquer dans l’en-tête : bibliography: biblio/references.bib.

Etape 6 : Modifiez le style de la bibliographie

Par défaut, Pandoc utilise le style Chicago Manual of Style, mais il est très facile de le changer.

Pour cela :

  1. Allez sur la page <https://www.zotero.org/styles>.
  2. Choisissez le style souhaité (par exemple, celui de la JAMA — Journal of the American Medical Association).
  3. Téléchargez le fichier .csl correspondant (attention, il se télécharge dans le dossier “styles” du répertoire Zotero sur votre ordinateur).
  4. Placez ce fichier à la racine du projet (comme je l’ai fait) ou dans un dossier spécifique.
Ajout d'un fichier de style zotero
  1. Spécifiez le dans l’entête YAML au niveau de la métadonnée csl, comme ceci :
Ajout du nouveau style bibliographique dans l'entete yaml, au niveau de la méta donnée csl
  1. Relancez le rendu ( bouton Render) et observez les modifications de style de la bibliographie.
Visualisation de la modification du styles de références bibliographiques, dans le document rendu.

Conclusion

Cet article complète celui consacré aux légendes et renvois dans Quarto, en abordant cette fois la gestion des citations et références bibliographiques. L’intégration de Zotero dans RStudio permet de fluidifier le travail de rédaction scientifique en automatisant la gestion des sources, ce qui rend l’ensemble du processus à la fois rapide et efficace.

N’hésitez pas à partager vos propres expériences ou astuces en commentaires, cela enrichira la discussion et bénéficiera à l’ensemble de la communauté.

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