Tutoriel : ANOVA sur mesures répétées

Tutoriel : ANOVA sur mesures répétées L’ANOVA paramétrique à un facteur est une approche statistique qui permet de comparer plus de deux moyennes. Mais, pour être valide, cette méthode doit satisfaire trois critères : indépendance des résidus (ou des données) normalité des résidus (ou des données) homogénéité des résidus (ou des données).  Lorsque l’hypothèse de normalité et/ou d’homogénéité n’est […]

Tutoriel : personnalisez les rendus Word de R markdown

Tutoriel : personnalisez les rendus Word de R markdown J’utilise quotidiennement le format R markdown, notamment pour réaliser des comptes rendus d’analyses statistiques. J’utilise le rendu html pour construire le document – je le knit régulièrement pour vérifier que la sortie est bien conforme à mes attentes, c’est-à-dire que ce qui est affiché correspond bien à ce que […]

Créer une liste de randomisation avec R

Créer une liste de randomisation avec R La randomisation (qui vient du mot anglais “random” qui veut dire “au hasard” ou “aléatoire” ) est l’affectation aléatoire d’unités expérimentales dans un groupe de traitement. C’est une approche qui est largement utilisée en recherche clinique, dans le domaine de l’expérimentation animale, ou encore dans la recherche en psychologie. A […]

ANOVA à 2 facteurs – quand les hypothèses ne sont pas satisfaites

ANOVA à 2 facteurs : quand les hypothèses ne sont pas satisfaites Cet article fait suite aux trois précédents articles consacrés à l’ ANOVA à 2 facteurs (two ways anova, en anglais) : Introduction à l’ANOVA à 2 facteurs ANOVA à 2 facteurs : principe ANOVA à 2 facteurs avec R : Tutoriel   Nous allons voir […]

Introduction aux GLMM avec données de proportion

Introduction aux GLMM avec données de proportion Pour faire suite au tutoriel sur les GLM avec données de comptage, et pour répondre aux demandes de certains d’entre vous, je vous propose ici une introduction aux GLMM avec données de proportion, sous la forme d’un petit tutoriel. Les GLMM (pour Generalized Linear Mixed Models) sont des modèles linéaires généralisés à effets […]

Tutoriel : GLM sur données de comptage (régression de Poisson) avec R

Tutoriel : GLM sur données de comptage (régression de Poisson) avec R Les GLM (modèles linéaires généralisés) sur données de comptage, ou régression de Poisson, sont des approches statistiques qui doivent être employées lorsque la variable à analyser résulte d’un processus de comptage (comme un nombre d’œufs pondus, un nombre de buts marqués, ou encore un nombre de visites sur un site […]

Corrélation deux à deux, corrélation des paires ou pairwise correlations

Correlations deux à deux Aujourd’hui, je vous propose un  article sur les corrélations deux à deux ; on les appelle aussi corrélations par paires, ou encore pairwise correlations en anglais. Je commencerai par expliquer pourquoi on peut être amené à calculer ces corrélations par paires, puis je présenterai les principales fonctions que j’utilise pour les représenter. Table des matières Pourquoi calculer les […]

ANOVA à 2 facteurs avec R : Tutoriel

ANOVA à 2 facteurs avec R : Tutoriel Ce tutoriel dédié à la réalisation d’ANOVA à deux facteurs avec le logiciel R, fait suite à deux premiers articles consacrés à cette approche statistique, l’un d’introduction, l’autre détaillant son fonctionnement. En lisant ce tutoriel vous apprendrez : comment explorer vos données, comment réaliser une ANOVA à […]

La régression linéaire simple avec le logiciel R

La régression linéaire simple avec le logiciel R Dans cet article, tourné une nouvelle fois sur la pratique, je vous propose 10 étapes pour mener à bien une régression linéaire simple avec le logiciel R. Pour rappel, la régression linéaire simple est une méthode statistique classique, qui est employée pour évaluer la significativité du lien […]

Comparaisons multiples et ajustement des pvalues avec le logiciel R

Comparaisons multiples et ajustement des pvalues avec le logiciel R Dans un article précédent, je parlais des comparaisons multiples qui sont réalisées après à une ANOVA significative, afin d’identifier les moyennes statistiquement différentes entre elles. Je disais que lorsque des comparaisons multiples sont réalisées, le risque de se tromper (en déclarant que deux moyennes sont […]